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LC-MS/MS在液相質(zhì)譜的基礎(chǔ)上采用串聯(lián)質(zhì)譜,能夠獲得分子離子峰和碎片離子峰,可對(duì)堿基同時(shí)進(jìn)行定性和定量分析。第一步使用TRIzol提取完Total RNA后,對(duì)mRNA進(jìn)行富集并去除rRNA。第二步是在37℃條件下,將200-300 ng mRNA用含有25 mM NaCl和2.5 mM ZnCl2緩沖液的核酸酶P1(2 U)消化2 h,然后加入NH4HCO3(1 M,3 μl)和堿性磷酸酶(0.5 U),37℃再孵育2 h后,將RNA從單鏈消化成單個(gè)堿基。
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