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果膠酶是指分解植物主要成分—果膠質(zhì)的酶類。果膠酶廣泛分布于高等植物和微生物中，根據(jù)其作用底物的不同。又可分為三類。其中兩類（果膠酯酶和聚半乳糖醛酸酶）存在于高等植物和微生物中，還有一類（果膠裂解酶）存在于微生物，特別是某些感染植物的致病微生物中。
果膠酶是水果加工中最重要的酶，應(yīng)用果膠酶處理破碎果實(shí)，可加速果汁過(guò)濾，促進(jìn)澄清等。應(yīng)用其他的酶與果膠酶共同使用，其效果更加明顯，如秦藍(lán)等采用果膠酶和纖維素酶的復(fù)合酶系制取南瓜汁，大大提高了南瓜的出汁率和南瓜汁的穩(wěn)定性。并通過(guò)掃描電子顯微鏡觀察南瓜果肉細(xì)胞的超微結(jié)構(gòu)，顯示出單一果膠酶制劑或纖維素酶制劑對(duì)南瓜果肉細(xì)胞壁的破壞作用遠(yuǎn)不如復(fù)合酶系。又如張倩等提出了一種新型果蔬加工酶—粥化酶（含有果膠酶、纖維素酶、半纖維素酶及蛋白酶等），可提高果蔬果汁的出汁率，增加澄清度，在果蔬加工中有廣闊的應(yīng)用前景。
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