菌株（在非細胞型的病毒中則稱毒株或株）是指從不同來源的標本中分離而得的相同菌種，它表示任何由一個獨立分離的單細胞（或單個病毒體）通過無性繁殖而成的純遺傳型群體及其一切后代。因此，一種微生物的每一不同來源的純培養(yǎng)物或純分離物均可稱為某菌種的一個菌株。如培養(yǎng)傷寒桿菌時可從血液中、骨髓中、糞便中、膽汁中進行分離培養(yǎng)，而以膽汁中者最為良好，稱為標準株。

主要特征：

①菌株實為一個物種內(nèi)遺傳多態(tài)性的客觀反映，其數(shù)目幾乎是無數(shù)的；

②菌株這一各詞所強調(diào)的是遺傳型純的譜系；

③菌株與克?。礋o性繁殖系）的概念相同；

④在同一菌種的不同菌株間，作為鑒定用的一些主要性狀雖個個相同，但不作為鑒定用的一些“小”性狀卻可有很大差異，尤其是一些生化性狀、代謝產(chǎn)物（抗生素、酶等）的產(chǎn)量性狀等；

⑤菌株實際上是某一微生物達到遺傳型純的標志，因此，一旦某菌發(fā)生自發(fā)或人工變異后，均應(yīng)標以新的菌株名稱；

⑥當我們在進行菌種保藏、篩選或科學研究時，在進行學術(shù)交流或發(fā)表學術(shù)論文或著作時，在利用菌種進行生產(chǎn)時，以及在索取或寄送菌種時，都必須在菌種后標出該菌株的名稱；

⑦菌株的名稱可隨意確定，一般可用字母加編號表示（字母多數(shù)表示實驗室、產(chǎn)地或特征等的名稱，編號則表示序號等數(shù)字）。